Esta edificación se realizó por fundación de la Duquesa de Arcos, Beatriz Pacheco, para un convento de Franciscanos Observantes y se inició a principios del siglo XVI en el lugar ocupado por una antigua ermita dedicada a San Antonio de Padua. A finales del siglo XVII se convirtió en colegio de Propaganda Fide, seminario de misiones en España, Filipinas y Ultramar.

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