Su fundación data de 1539, como Convento de San Juan de Letrán. En él vivieron el “Beaterio de las Emparedadas” hasta la finalización de las obras del Convento de la Encarnación en el que se refunden.
Esta edificación se realizó por fundación de la Duquesa de Arcos, Beatriz Pacheco, para un convento de Franciscanos Observantes y se inició a principios del siglo XVI en el lugar ocupado por una antigua ermita dedicada a San Antonio de Padua.
Este convento se construye gracias a Isabel de Palacios Espinosa, quien deseaba fundar una casa de frailes apartada del comercio, ya que su deseo era que le sirviera de sepultura a su familia.